Uit opgravingen bij de kapel van Nijhoven wordt geconcludeerd dat hier rond de 12e eeuw een houten kapel moet hebben gestaan die later in baksteen is herbouwd. In het oudste register van het Bisdom Luik uit 1400 wordt onder Baerle de Salvatorkapel vernoemd. Rond het jaar 1582 is deze kapel door brand verwoest. Uit een visitatieverslag van 1606 blijkt dat de kapel weer is herbouwd: het priesterkoor is helemaal nieuw opgebouwd en iedere vrijdag wordt er de H. Mis gelezen.

Na de vrede van Munster in 1648 komen de hervormers van Alphen naar Baarle om de kerken van de katholieken te sluiten en de eigendommen op te eisen voor de protestanten. De St. Remigiuskerk in Baarle-Hertog is hiervoor veilig, omdat zij op Spaans grondgebied is gelegen, maar de St. Salvatorkapel in Baarle-Nassau wordt gesloten en het interieur vernield. Het kruisbeeld en een schilderij van Theodoor Thulden worden in veiligheid gebracht in de St. Remigiuskerk – de moederkerk op de Singel. Het schilderij is tijdens de tweede wereldoorlog bij de brand van deze kerk in 1944 verloren gegaan. Het kruisbeeld bevindt zich nog steeds in de St. Remigiuskerk.

De kapel komt in handen van de protestantse gemeente van Baarle-Nassau. Het grootste deel van de bevolking van Baarle-Nassau blijft echter katholiek en ondanks de financiële rijkssteun kan het geringe aantal leden van de protestantse gemeente het onderhoud niet bekostigen. De kapel raakt steeds verder in verval. Op het eind van de 18e eeuw is het gebouw zelfs niet meer wind- en waterdicht en het wordt dan provisorisch hersteld.

 

Als na de Franse revolutie Koning Lodewijk Napoleon de Nederlanden regeert, wordt de mogelijkheid geschapen dat de door de protestanten geannexeerde gebouwen worden teruggegeven aan de oorspronkelijk katholieke eigenaren. Voor de St. Salvatorkapel weet de protestantse gemeente dit steeds te blokkeren, met het argument dat de katholieken van Nassau in de St. Remigiuskerk kunnen kerken.

In 1807 wordt de protestantse gemeente van Baarle-Nassau verenigd met die van Chaam, en wordt één predikant aangesteld. Deze besluit het zwaar vervallen kerkschip af te breken en het priesterkoor te verbouwen tot consistoriekamer met een stalling voor een rijtuig en opslagmogelijkheid. Van 1830 – 1839 (de Belgische opstand) is de kapel gesloten. Nadien worden er steeds minder diensten gedaan, van eenmaal per maand tot eenmaal per jaar, en tenslotte helemaal niet meer.

In de eerste wereldoorlog (1914-1918) wordt de kapel in gebruik genomen door militairen, met alle gevolgen van dien. Daarna wordt de kapel ook nog gebruikt als boerderijstal en zij is dan niet meer dan een ruïne!

In 1928 laat de parochie van Baarle-Nassau de kapel aankopen door overbuurman A. Jacobs. Pastoor Vekemans laat op de fundamenten van het priesterkoor van de oude kapel een nieuwe St. Salvatorkapel bouwen. Bij zijn zilveren priesterjubileum, in 1930, wordt de nieuwe kapel ingewijd. Een jaar later worden in de kapeltuin 14 kruiswegstaties geplaatst. In 1932 gevolgd door de staties van de 15 Geheimen van de Rozenkrans, de 7 Smarten van Maria en de Lourdesgrot. In 1934 wordt dit alles gecompleteerd met een Calvarieberg.

 

Nadat de kapel in 1995 op de gemeentelijke monumentenlijst is geplaatst, laat het parochiebestuur allerlei herstellingen uitvoeren. In 1999 wordt op initiatief van pastoor Maickel Prasing de renovatie rigoureus aangepakt. Onder leiding van de families Jacobs en Seegers gaan de bewoners van het buurtschap Nijhoven aan de slag.

De voorgevel van de kapel wordt opnieuw ingevoegd en de gebrandschilderde ramen gerestaureerd door Wim van Gool. De betonnen staties in de bidtuin worden door nieuwe vervangen en de beelden worden gerestaureerd door Stan Grooten. Er wordt een nieuwe klokkentoren gebouwd, waarvoor de gemeente de klokken van het voormalige Broederklooster ter beschikking stelt. Ook komt er een as-uitstrooiveld met gedenkmuur. In 2004 wordt het geheel via grondruil gecompleteerd met een ruim parkeerterrein.