De naam Baarle wordt voor het eerst vermeld in een oorkonde van 1 juni 992. Volgens dit document werd door Hilsondis, gravin van Strijen en echtgenote van Ansfried, die later Bisschop van Utrecht werd, gronden afgestaan om er de abdij van Thorn (Limburg) op te richten. Een van die gronden was de villa Baerle cum altari in honore S. Confessoris Remigii.
Hieruit kunnen we afleiden dat er reeds in 992 een, waarschijnlijk houten, kapel moet hebben gestaan op de plaats van de huidige St. Remigiuskerk. In de 11de eeuw werd dit gebouw vergroot en later opnieuw opgetrokken in baksteen. Het bleef aan de heilige Remigius gewijd.
De Remigiusparochie wordt beschouwd als één van de oudste uit de streek. Tot deze parochie behoorden Baarle-Hertog, Zondereigen, Baarle-Nassau, Ulicoten en Meerle.
In 1198 leent Hertog Hendrik I van Brabant een aantal gronden in Baarle aan Godfried van Schoten, de heer van Breda. De gronden in Baarle, die hij aan zijn eigen leenmannen had geleend bleven daarbuiten. Deze splitsing vormt de basis voor het ontstaan van de twee Baarles. Omdat de heerlijkheid Breda in 1404 in handen kwam van Engelbert I van Nassau-Dillenburg spreekt men sindsdien over Baarle-Nassau (onder de Nassau’s) en Baarle-Hertog (onder de Hertog van Brabant).
Willem van Nassau, de achterkleinzoon van Engelbert I had zijn residentie op het kasteel van Breda en Baarle-Nassau behoorde tot zijn persoonlijk domein. Hij voerde in de tachtigjarige oorlog zijn strijd tegen Spanje wat uiteindelijk leidde tot de stichting van de Nederlandse staat. In 1648, bij de vrede van Munster, ontstond de Republiek der Verenigde Nederlanden (De Zeven Provinciën).
Brabant en Limburg werden toen in twee delen verdeeld: het noorden kwam onder beheer van de Republiek (dat werd later Nederlands grondgebied) en het zuiden bleef bij Spanje (dit werd later Belgisch grondgebied). De grens werd onder meer getrokken tussen de heerlijkheid Turnhout van het hertogdom Brabant (waartoe Baarle-Hertog hoorde) en de heerlijkheid Breda (waartoe Baarle-Nassau hoorde). Baarle-Nassau viel dus onder het gezag van de Republiek en Baarle-Hertog onder Spaans gezag.
Het noordelijk gedeelte van Brabant en Limburg (de zogenaamde Generaliteitslanden) werd rechtstreeks bestuurd door de Staten-Generaal der Verenigde Nederlanden. Deze erkende alleen het Calvinisme en voerde dit in als staatsgodsdienst. Het gevolg was dat de kerken van de katholieken werden gesloten. Zij werden in bezit genomen door de Staat, die ze veelal overdroeg aan de protestanten.
In 1647 werd de heerlijkheid Turnhout in leen gegeven aan Frederik Hendrik, Prins van Oranje, Stadhouder en heer van Breda. Na zijn dood kreeg zijn weduwe Amalia van Solms de heerlijkheid Turnhout in handen. Dit werd bekrachtigd bij de vrede van Munster in 1648.
In Baarle ontstond hierdoor een merkwaardige situatie. De leenrechten behoorden toe aan het protestantse geslacht Oranje-Nassau. Volgens het in Munster gesloten vredesverdrag moest dat ervoor zorgen dat de katholieke godsdienst in het tot de heerlijkheid Turnhout behorende Baarle-Hertog behouden bleef.
Amalia van Solms heeft zich op bewonderenswaardige wijze van die taak gekweten. Amalia’s zoon, prins Willem II, deed het tegenovergestelde: bij verordening liet hij alle katholieke kerken in de heerlijkheid Breda (en dus ook de St. Salvator-kapel in Baarle-Nassau) sluiten. En hij eigende zich de kerkelijke goederen toe.
Toen de vrede van Munster werd gesloten behoorde het Hertogdom Brabant tot het Bisdom Mechelen. De bisschop van Mechelen benoemde Gerardus Van Herdegom in 1648 tot kapelaan en in 1649 tot pastoor van de Remigiusparochie. Pastoor van Herdegom slaagde er met hulp van Amalia van Solms in het bewijs te leveren dat de St. Remigiuskerk op “Hertogelijk” gebied stond. Daardoor bleef de kerk behouden en werd elke poging om Baarle-Hertog op te nemen in de Verenigde Nederlanden verhinderd.
De Baarlese kerk bleef dus open en was beschikbaar voor het beoefenen van de Rooms-katholieke godsdienst.
De volgende eeuwen werd er geijverd om de twee delen van het dorp Baarle, die onder verschillend staatsgezag waren gekomen, als één parochie te behouden. Ook na de Belgische opstand in 1830 is de Remigiusparochie, tot ieders tevredenheid, de enige parochie gebleven voor beide dorpen. Godefridus de Kater uit Nieuw-Vosmeer (1829-1859) was de laatste pastoor van de gezamenlijke parochie.
In 1580 werd het katholicisme in de Verenigde Nederlanden verboden en werden de bisdommen opgeheven. Pas in 1853 werd in Nederland de bisschoppelijke hiërarchie hersteld. Na de Franse revolutie, tussen 1803 en 1853, werd de pastoor van Baarle beurtelings voor benoeming voorgedragen door het Aartsbisdom Mechelen en het Apostolisch Vicariaat Breda.
Ruzie over het salaris van de pastoor werd uiteindelijk mede aanleiding tot splitsing van de parochie. De aartsbisschop van Mechelen erkende het recht van de Bisschop van Breda om voor Baarle-Nassau een eigen parochie te stichten en deze benoemde in 1860 Jacobus Mastboom uit Oud-Gastel tot pastoor van de nieuwe parochie.
De Parochiekerk
Het Bisdom begreep dat de nieuwe parochie, die geen aanspraak kon maken op de bezittingen van de Remigiusparochie, onmogelijk het geld kon opbrengen voor de bouw van een nieuwe kerk en nam dit voor zijn rekening. Dit werd uiteindelijk een kleine houten noodkerk die op 7 september 1860 werd ingezegend en toegewijd aan Onze Lieve Vrouw van Altijddurende Bijstand.
Na het overlijden van Pastoor Mastboom werd in 1861 Petrus Key uit Oosterhout tot zijn opvolger benoemd. Die begon in 1877 met de bouw van een stenen kerkgebouw. Dat was noodzakelijk geworden door de Nieuwjaarsstorm, die het houten gebouw ontwrichtte. Dankzij de grote financiële steun van de parochianen kon in 1879 de Neo-Romaanse kerk, bestaande uit een middenbeuk en twee zijbeukjes in gebruik worden genomen.
Nadat deze kerk veel te klein was geworden voor de uitgegroeide parochie, liet Pastoor Joannes Vekemans de kerk op de beuken na afbreken en er een groot stuk aanbouwen. De vergrote kerk werd in 1932 in gebruik genomen.
Tijdens de bevrijding van Baarle, in het najaar van 1944, werden het dak en de voorgevel van de kerk getroffen door diverse granaten. De schade werd provisorisch hersteld. In 1957 werd door pastoor Vekemans het initiatief genomen om de kerk af te bouwen met een groot voorstuk met een echte kerktoren. Zijn opvolger, pastoor Jacobus Koenraadt, heeft op 14 december 1958 de vernieuwde kerk in gebruik genomen.